霍金再婚后，他的家人很少有机会与他见面，他们怀疑霍金可能遭到虐待。2004年初，媒体报导，霍金遭到第二任妻子虐打，这消息立刻轰动全世界。为此，霍金在医院病床上发表声明，指称这消息失实，并表示“我全心坚决驳斥说我遭到虐待的说法。媒体的报导纯属虚构，有人散播这样不实的消息，令我感到失望。……我妻子与我相爱。今天我还能活着，完全是因为她。我要求媒体尊重我的私生活，让我专注于从疾病中恢复健康。”然而外界传出霍金身上出现多处神秘伤痕，手腕骨折，脸部和嘴唇有很深的切口。同年3月，英国警方正式向霍金询问了解相关情况，并向先前照顾霍金的护士查问并且索取资料，但由于霍金不愿意提出控诉，警方最终只好结束案件。2006年夏天，64岁的霍金与第二任妻子伊莲办妥离婚手续，结束了他们作为夫妻共同生活的11年。霍金与简合好，重新与儿孙们共享天伦之乐。为了反映这段快乐时期，简将先前著作《移动星星的音乐》进行了大幅度编修，删除了很多不堪回首的叙述，更换为对于未来盼望的语句，完成后发表为著作《遨游至天涯海角》。
学术思想 /斯蒂芬·威廉·霍金
时光机英国著名天体物理学家史蒂芬·威廉·霍金继承认外星人的存在后，又发表一个惊人论述：他声称带着人类飞入未来的时光机，在理论上是可行的，所需条件包括太空中的虫洞或速度接近光速的宇宙飞船。不过，霍金也警告，不要搭时光机回去看历史，因为“只有疯狂的科学家，才会想要回到过去‘颠倒因果’。”
物理学家霍金在拍摄的一部有关宇宙的纪录片时提到，人类其实能建造出接近光速的宇宙飞船，并且能够进入未来。霍金甚至说，自己是因为担心别人把他当成“怪人”，所以才不敢乱说话，也不愿意多谈有关时光机的东西，直到透过纪录片后才敢大方讨论。
至于时光机的关键点，霍金强调就是所谓的“四度空间”，科学家将其命名为“虫洞”。霍金强调，“虫洞”就在我们四周，只是小到肉眼无法看见，它们存在于空间与时间的裂缝中。
他指出，宇宙万物非平坦或固体状，贴近观察会发现一切物体均会出现小孔或皱纹，这就是基本的物理法则，而且适用于时间。时间也有细微的裂缝、皱纹及空隙，比分子、原子还细小的空间则被命名为“量子泡沫”，“虫洞”就存在于其中。
霍金指出，理论上时光隧道或“虫洞”不只能带着人类前往其他行星，如果虫洞两端位于同一位置，且以时间而非距离间隔，那么宇宙飞船即可飞入，飞出后仍然接近地球，只是进入所谓“遥远的过去”。因为在4度空间中，10分钟也许是n小时。不过霍金警告，不要搭时光机回去看历史。
史蒂芬·威廉·霍金表示，如果科学家能够建造速度接近光速的宇宙飞船，那么宇宙飞船必然会因为不能违反光速是最大速限的法则，而导致舱内的时间变慢，那么飞行一个星期就等于是地面上的100年，也就相当于飞进未来。
霍金举人造卫星为例，指卫星在轨道运行时，由于受地球重力影响较小，卫星上的时间比地上时间稍快。由此，霍金就设想出一艘大型极速宇宙船，可在1秒内加速至时速9.7万公里，6年内加速至光速的99.99%，比史上最快的宇宙船阿波罗10号快2000倍。船上的乘客就是变相飞向未来，作出名副其实的时间旅行。
即使是在太空中，万物也都有时间的长度，在时间中漫游，意味着穿越该“4度空间”。
霍金举例指出，开车直线行进等于是在“1度空间”中行进，而左转或右转等于加上“2度空间”，至于在曲折蜿蜒的山路上下行进，就等于进入“3度空间”。穿越时光隧道就是进入“4度空间”。
外星人论史蒂芬·威廉·霍金
斯蒂芬·霍金在美国探索频道2010年4月25日播出的纪录片《跟随斯蒂芬·霍金进入宇宙》中说，外星人存在的可能性很大，但人类不应主动寻找他们，应尽一切努力避免与他们接触。星际移民
霍金在2010年8月接受美国知识分子视频共享网站BigThink访谈时，再曝惊人言论，称地球200年内会毁灭，而人类要想继续存活只有一条路：移民外星球。
霍金表示，人类如果想一直延续下去，就必须移民火星或其他的星球，而地球迟早会灭亡。霍金说：“人类已经步入越来越危险的时期，我们已经历了多次事关生死的事件。由于人类基因中携带的‘自私、贪婪’的遗传密码，人类正在一点点掠夺地球资源，人类不能把所有的鸡蛋都放在一个篮子里，所以不能将赌注放在一个星球上。”
霍金喜欢就一些科学命题，与其他学者开赌，一时成为科学界美谈。
1.能否发现希格斯玻色子
霍金跟美国密歇根大学的戈登教授打了个赌：CERN不会发现希格斯玻色子。
希格斯玻色子是英国著名物理学家希格斯与其他同事经过漫长年代的潜心研究，等待了48年，才发现了希格斯玻色子，也称为“上帝粒子”。
2.黑洞是否存在
集一生精力研究黑洞的霍金，曾担心黑洞可能只是理论上的概念，而现实中根本不存在。他为免到时自己变得一无所有，1975年他与另一名物理学家索恩（Kip Thorne）开赌：究竟黑洞是否存在。
3.裸奇点的存在
1991年，霍金又要求开赌，这次索恩与他站在同一阵线，对赌一方是物理学家裴士基（John Preskill）。当时的命题是，奇点应该被黑洞围绕，但没有被黑洞包围的“裸奇点”（naked singularities）是否存在。
霍金与索恩押注：裸奇点并不存在，随即与裴士基立下赌据，谁输了要向对方送上一件用来“遮蔽裸体”的T恤衫，写上适当的服输字眼。霍金于1997年修正他的理论，指出裸奇点有可能存在。
根据90年代提出的M理论（超弦理论的一种），宇宙是十一维的，由震动的平面构成的。在爱因斯坦那里，宇宙只是四维的（三维空间和一维时间），现代物理学则认为还有七维空间我们看不见。
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