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电子电离(EI)为很多人所熟知。(在较早的时候称为"电子撞击"，但是从技术上来说不准确。)EI，通常将样品暴露在70eV的电子下，被称为"硬"技术。电子与目标分子互作用的能量，通常要比分子的化学键要强的多，因此分子发生电离。过量的能量按照特定方式打开化学键。结果产生能够预见的、可鉴别的碎片，通过这些碎片，我们能够推测出分子结构。这些能量可将单个电子激发，从分子外层逸出，形成正离子自由基，得到丰富的碎片波谱。不同于"较软"的大气压电离技术，波谱响应会受到离子源设计特征的影响，EI技术完全独立于离子源的设计。同一化合物在一台EI质谱仪产生的图谱与另一台EI质谱仪得到的图谱非常相似，基于这一原理，可建立图谱库，将未知化合物的谱图与参照谱图比较。
化学电离[CI]
分子过度裂解的称为"软"技术。化学电离(CI)通过一较温和的质子转移过程生成离子，有利于分子离子的生成。将样品暴露到大量的溶剂气体，如甲烷形成质子化的分子离子(M+H)。反向过程将形成负离子。在一些情况下，质子被转移到气体分子上，形成负离子(M-H)。采用EI分析时，碎片丰富的化合物，有时可采用CI分析，以增加分子离子的丰度。类似于EI，样品必须具有热稳定性，因为在离子源里，被测物需要加热气化。对起始电离步骤，CI的电离机理依赖于EI，但是在离子源里是有高压化学反应气体，比如甲烷、异丁烷或氨。比被测物(R)的浓度高很多反应气体通过电子电离作用，发生电离，起初产生R+t，溶剂离子。R+离子与中性R分子发生碰撞，形成稳定的次级离子，其具有反应性，然后通过离子分子反应，使被分析物分子(A)离子化.
负离子化学电离[NCI]
对含捕获电子基团(例如，氟原子或硝基苄基)的被测物，能形成负离子化学电离(NCI)。比EI的灵敏度提高了很多倍(据报道，在某种情况下可提高100到1000倍以上)。NCI广泛应用于各种小分子，这些小分子通过或能够被化学修饰，促进电子捕获。在负离子中，有两类主要的负离子形成机制：电子捕获和反应物离子化学离子化。在CI条件下，电负分子能够捕获热电子，产生负离子。实际上的负离子化学电离，通过被测化合物(AH)与带负电的反应离子(R-或R-)之间反应引起电离。可能存在几类离子分子反应的类型，最常见的是脱质子反应。
气相色谱[GC]
可能对很多人来说，第一次接触质谱是将其作为气相色谱的检测器。GC/MS联用仪类型的范围已大大扩展，超越早期仪器设计的范围，在使用中满足日渐严格的法规要求，像环境分析、食品安全筛查、代谢组学，以及包括法医学、毒理学和药物筛查的临床应用。在过去，两种类型的质谱主导着GC/MS分析：扇形磁场和单四极杆质谱仪。对于前者，可提供高分辨率和准确的质量分析，用于有极高灵敏度要求的分析中。后者适
合目标化合物的常规分析。
[ 液相色谱 ]
扇形磁场质谱仪，具有最具挑战的GC/MS分析能力：环境或工业样品中的二英，或竞技比赛中非法使用兴奋剂的筛查。在扇形质谱仪上能够以飞克(fg)检测水平进行高分辨率或选择性的分析。四极杆GC/MS系统推出不久，在目标分析应用中就已取得认可。美国环境保护局(USEPA)要求对大量环境污染物样品采用四极杆GC/MS质谱仪分析。因为这些分析应用的检测级别仅在皮克到纳克之间，相对于扇形磁场来说，四级杆磁场的灵敏度较低，但四极杆并没因此受到限制，相反，采用四级杆可大大降低成本，方便使用，并且便于携带。
液相色谱[LC]
这是一项革命性的技术，为大约80%不能采用GC分析的化学物质提供了分析途径，在近几十年来促进了质谱技术的显著提高。少数几个模型被挑出来(参见质谱‘简史'章节中的内容)，开始实现MS与LC联用。可以说LCMS联用开始于1970年代，在1990年代早期，我们今天所熟知的LCMS技术成熟起来。很多现在我们使用的装置和技术都直接来自那个时候。在1900年代早期，俄国植物学家Mikhail S.Tswett定义了液相色谱技术。他的研究工作主要是分离从植物萃取的叶色素，在他的研究中，他用溶剂冲洗装填微粒的柱子。这是液相色谱最简单的形式，被测物溶解的溶液(流动相或浓缩相)与溶液流过的装填颗粒的床体(固定相)之间存在竞争作用，液相色谱就是依靠这种可预测、不断再现且具有很高精确性的相互作用实现分离。近年来，在色谱柱中装填各种功能性组分，以及能够准确传送流动相的溶剂输送系统的发展，使得LC成为很多分析行业的支柱。首字母缩略词HPLC是由Csaba Horváth在1970年提出，表明对液相色谱填充柱需要施加高压，以引起液体流动。从那以后，液相色谱的效能不断提高，较小颗粒的填料和较高的选择性上都取得了发展，将首字母缩略词改为高效液相色谱。
[ 电喷雾电离 ]
在2004年，色谱仪和柱技术得到进一步的发展，提高了液相色谱的分离度、分离速度和灵敏度。使用较小颗粒填料的色谱柱(1.7微米)、以15000psi(1000巴)的压力输送流动相的特殊设计色谱仪被称为超高效液相色谱(UPLC®技术)。在1970年代，John Knox等研究人员已经预测了UPLC所包含的很多技术特征。Knox预测最佳颗粒直径是1-2μm，并且色谱对摩擦热热灵敏。在UPLC技术开发过程中，必须解决如
何制作抗干扰、均一的小颗粒填料的技术。
电喷雾电离[ESI]
"大气压电离"(API)的最重要的技术是ESI，ESI为各相关技术提供了基础，这些相关技术能在大气压，而不是在真空(托)下形成离子。样品溶解在极性溶剂中(一般比GC上使用的溶剂更难挥发)，然后泵入不锈钢毛细管，不锈钢上施加2000到4000V的电压。当液体在大气压下，从毛细管流出时，液体被雾化，被雾化的液滴进一步去溶剂，释放出离子进入质谱仪。在静电吸引和真空联合效应下，诱导电离生成这些气态离子。
图 4：位于前端的ESI探针简易图，与MS离子入口垂直。当溶剂进入分析器的稀薄真空区域时，锥体或逆流气通常辅助液滴去溶剂化。
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