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但是，包括****化在内的代谢过程之间的区别，越来越有挑战性。增加CH2将前体(仅对药物的响应)的测量质量增大+14.0157Da，与之相比，在两步生物转化中，涉及羟基化(增加氧)，及随后的双键氧化(失去H2)，测量质量增大+13.9792Da。可见，当使用整数分辨率时，两种代谢方法对其代谢产物的测量值将同为+14Da。
质量准确性和分辨率
高质量准确性和低分辨率
对于高质量准确性的测量，低分辨率的四级杆质谱仪表现性能良好，比如将其应用到蛋白质的分析中：当同位素峰相对彼此，没有被分辨出时，蛋白质的质量通常定义为"平均"值。平均质量是分子中所有同位素离子的加权平均值。通常使用在四级杆质谱仪上的仪器分辨率扩大分辨响应，对10kDa的蛋白，乘以1.27的因子。所乘因子随质量数增加而显著增加(例如，100kDa乘以2.65)。不过，减小峰宽到m/z0.25(增加分辨率到4000)，而不是将质谱仪分辨率限制到1000，即使用峰宽m/z0.6，能显著提高信号强度。实际工作中，大分子的ESI-MS分析能得到多电荷离子。因此，峰宽需要除以离子的电荷数，以得到在该质荷比的峰宽。
例如，带有10或20个电荷的20kDa蛋白质将产生一个多同位素离子共存峰，在m/z大约为2000或1000，各自对应的峰宽为0.9或0.45m/z单位。当这些离子在质谱仪上实测时，将分辨率设置得非常低，显著低于分辨同位素所要求的分辨率(分辨率低于10000)，对每个带电状态，将得到单一的峰。由单一同位素峰峰宽的理论值除以离子所带电荷数的值，结合质谱仪峰宽，确定总峰宽。由相同m/z值的低分子量化合物的第一个同位素峰来确定，并将其作为多带电蛋白质的峰。
我们需要多大的质量准确性?能否实现，折中方案是什么?
考虑美国质谱学会杂志作者指南中明确表征的要求(2004年3月)。对只含有C、H、O、N的化合物(C0-100，H3-74，O0-4和N0-4)，在整数质荷比为118，响应误差不超过34ppm时即可明确确定其化学组成，而在整数质荷比为750时，响应准确性需好于0.018ppm，以消除"所有外部的可能性"。
图15：对于化合物的明确鉴定，增加质量准确性的效益。(Quenzer，T.L., Robinson，J.M., Bolanios，B., Milgram. E. 和Greig, M.J.(作者)，使用FTICR质谱进行自动准确的质量分
析，关于质谱和相关主题的50周年会议论文，Orlando, FL, 2002).
图16：对指定结果，在数据分析中增加过滤提条件或限制误差，降低可能的候选物数量。
仪器间精确度的比较：毫质量单位[mmu]，测量误差[ppm]和分辨率
按照VIMMS计划的准确质量最佳实践指南(为起始计划，构成了部分英国测量体系)，准确质量测定的绝大多数仪器要求能够实现10ppm或更佳的精确度。准确度在2mmu之内的现代质谱仪，对计算质量为118Da的物质进行测量，结果出现17ppm的误差，按照今天的标准，明确确定化学物质的分子式，这一误差已经能满足要求：
计算得到的单同位素准确质量 = 118 Da
测量的准确质量 = 118.002 Da
偏差 = 0.002 mmu
误差[偏差/准确质量x106] = 17 ppm
一台质谱仪对750m/z产生响应，准确度也为2mmu，误差将达到2.7ppm。在第一种情况下，按照美国质谱学会杂志的发行标准，对化合物分子式的明确鉴别，测量已经足够。但是对后一种情况，测量不够精确。只有最高效的傅里叶变换离子回旋共振质谱(FTICR)，对较高的质量，实现这样的精确度。一种评定仪器质量准确测量能力(类似于预期使用)的综合方法，通过均方根或均方根误差测量(RMS)误差计算。从商业化的TOF质谱仪的质量测量准确要求中选取了下列内容，说明它怎样使用。
"在通常工作条件下，仪器的质量测量准确性，在指定的m/z范围内，将好于指定ppm RMS，这是基于被测物峰(属于指定m/z)大量连续重复测量并选择适合的参照峰(属于指定的m/z)得出的结论。被测物和参照峰必须有足够的强度，不受其它物质的干扰
有一些关键点和假设需要考虑：
1. 按照校正标准，已经用已知质量的峰对仪器进行了校正。参照峰被用于解释仪器随时间校正中出现的任何改变，并使用被测物峰确定质量测定的准确性。
2. 正常的工作条件也包括在色谱条件的细节(LC/MS性能的说明)与任何相关的MS工作条件(例如，质量分辨率、目标m/z或质谱采集速率)。
3. 强度足够假定离子数，对考查中的质谱仪(质量测定)准确性和精确性的表征不造成有害的影响。离子过少不利于离子的统计，离子过多会引起检测器饱和，这两者一起作用，将引起重复测量的标准偏差出现更大的改变，将反向影响RMS误差的计算(也与仪器校正相关)。
4. 无干扰-假定已知质量峰的质量测定不受相同或相似离子的干扰。重叠峰造成质量测定的准确性较差，这也不利于质谱仪准确性或精确性的正确表征(也与质谱仪的校正相关)。
5. 参照是m/z范围的好的表示法，这与特定样品类型的分析相关。使用下列关系式，计算RMS误差，在此Eppm是ppm误差，n是考察质量的数量:
RMS误差不允许一些测定落在ppm误差的"目标窗"之外(例如，5ppmRMS)。为了确保测定的质量，对大量重复进样，以上描述的条件需要得到满足(尤其关于强度和干扰物的影响-在图谱中具有清楚的峰轮廓的平衡离子统计)。您所见的报告的很多分辨率和质量准确性的数值不是RMS误差值，而是来自单个选定(适合的)的离子。记住这一点很重要，在所有的应用中，弱信号产生不好的离子统计数据，因此是不能用的。过强的信号同样不适合使用，造成检测器饱和。理想的平衡离子统计数据，在图谱中具有清晰度，这是分析的目标。一些比较：
关于图17：
- 四级杆分辨率不能完全区分两种化合物。
- 分辨力大约为5000，TOF数据清楚地显示两明确的峰，能够准确的进行质量测量，误差小于5ppm。
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