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串联质谱技术的进一步发展，产生了离子迁移率测量和分离相结合的串联质谱技术技术。离子迁移率质谱法(或IMMS法，通常缩写为‘IMS')是基于多种因素的组合来区分离子的技术，这些因素包括：离子大小、形状、电荷和质量。IMMS通常在机场和手持领域的元件中使用，可对迁移率已知的小分子实现快速(20毫秒)检测：例如某些毒品和炸药的检测。当采用更高位的质谱仪，IMMS提供正交分离(对LC和MS)，以及一些独特功能，包括：
- 分离异构体、同重化合物和构象异构体(从蛋白质到小分子)，测定其平均转动碰撞横截面。
- 增强复杂化合物的分离(通过MS或LC/MS)，引起峰容量增加和样品清洁度的增加(离子的物理分离，尤其是化学噪音和干扰目标分析物的离子)。
- 在结构分析研究中，通过CID/IMMS、IMMS/CID或CID/IMMS/CID等性能获得更多有用信息。
在所有的3个分析方案中，高效离子迁移率和串联质谱法的组合有助于克服分析中存在的问题，其它分析方法，包括传统的质谱分析法或液相色谱测试设备，可能也无法解决这些现存的问题。
在本章结尾引用了H.H.Hill Jr.等人的评论文章，比较了各种类型的离子迁移率(到文章2007年出版时，可用到的质谱仪)，并描述了对各种被测物应用离子迁移率的益处。目前在质谱分析中，应用的4种离子迁移率分离方法：
- 漂移时间离子迁移率质谱法(DTIMS)
- 吸入离子迁移率质谱法(AIMS)
- 差异迁移率质谱法(DMS)，也称为不对称场波形离子迁移率质谱(FAIMS)
- 行波离子迁移率质谱(TWIMS)
按照作者的观点，"DTIMS能提供最高的IMS分辨力，它是仅有的(IMMS)能够直接测量截面碰撞的方法。AIMS是低分辨的迁移率分离方法，但是它只能连续监测离子。DMS和FAIMS具有连续的离子监测能力，以及正交离子迁移率分离的功能，能够实现高分离选择性。TWIMS是一种新(IMMS)方法，其分辨能力相对低，但具有较好的灵敏度，能很好地与商品化的质谱仪工作结合。"
图 12：用彩球表示的，不同迁移率的无差异离子被俘获、累积，然后释放到T-波离子迁移率分离(IMS)装置中。
图 13：一旦释放进入T-波区域，行波波形驱动离子通过中性缓冲气(通常是0.5毫巴的氮气)，按照离子迁移率分离离子。
离子迁移与MS联用，也应用在生物分子气相结构的研究。Pringle等(在此引用)应用杂交型四级杆-行波离子迁移分离器-正交加速TOF质谱仪，考察了一些肽和蛋白离子的迁移率分离。将从行波(TWIMS)分离设备上获取的离子迁移率数据与使用其它类型迁移率分离器获取的数据比较表明："当迁移率特点类似时，新的杂交技术的质谱仪提供的迁移率分离不影响质谱仪的基本灵敏度。该功能在显著分析水平上有利于样品迁移率的研究。"
数据处理
将离子强度求和，然后按总离子强度对时间(色谱保留时间)的函数作图，得到总离子流色谱图(TIC)，该图非常类似于分光光度计的输出，如UV检测器。对MS而言，一条轴表示离子强度;另一轴可以是时间或特定时间的数字采样值(比如：图谱)。您能单独显示每一张图谱，非常类似于数码摄像机拍摄的一系列图像，从本质上讲，是一系列高速静态照片。可能有简单的但非常有用的技术，例如，在选定离子的色谱图中，降低数据阵列，或使用数字过滤器降低噪音，这样您可以仅显示出每个数字样品中的最强峰(基峰离子色谱图或BPI)。数据输出、存储和检索多年来，软件设计已成为独立的专业，不再是简单设置数据采集参数的途径。现今，操作和数据系统允许操作员进行复杂的仪器控制。
这些专业的软件包得到了显著的发展：
- 工作流程控制，比如开放存取(OA)，也称为"上行系统"，一位接受了全面培训的操作员能够建立完整的LC或GC/MS方法，大量非专业用户可使用这些已建立的方法，这样，非专业用户不需大量培训便能使用先进的技术。非专业人员可能只是偶尔使用质谱仪，确定化合物的特性或纯度。这种系统方便了非专业人员的使用，使用仪器时，不用首先成为娴熟的操作人员。
减少数据的应用-这些软件包有助于在复杂混合物中，从成千上万个独特化学个体里鉴别代谢物或开发生物标记物。通常使用"专家"系统，可以扩大该应用，比如说主要组成分析软件(PCA)，它检测出趋势，而不是大量输出具体的数据。数据管理的需求远未得到满足。高分辨率、质量数准确的数据将产生多达1GB/ h的数据。这样巨大的数据不仅仅来自生命科学的研究，而且越来越多地来自工业领域的研究工作，这类工作依赖于高容量的数据处理过程，比如代谢物和其生物转化过程的表征。5台质谱仪运行180天，每天每台能产生24GB的数据，这些数据需要存储、检索、分类，生成信息的数据达21.6 TB。
在任何数据方案中，必须说明的首要问题是怎样使用采集的数据?不像传递信息的电子邮件，传递信息之后几乎不起任何作用，当生物、医药和物理化学测量值在数据文件中不停地累集，在线数据值随着时间而增加。但是随数据量增加，也增加了数据访问的代价。由于数据文件大小增加，访问数据的时间随之增加，一种解决途径是包括某种形式的分级存储管理。这样，一小部份数据将能快速访问，或"激活"，而余下的数据以连续分级处理或被指定长期存档。质量准确性和分辨率提高被测质量数的准确性和分辨率是现今结构表征的各项应用中的主要工具，应用范围已不再局限于早期药物发现。由于QTOF具有广泛的特异性和效用，其正逐步取
代其它LCMS技术。
QTOF质谱仪具有高的质量准确性，误差为真实值、计算值、单同位质量值的几个ppm;高分辨率-比四级杆质谱高10倍-允许我们根据质量缺失(在此，氢和其它共存原子的质量值起到区分作用)确定经验式。物种形成分析，例如辨明乙醛和硫化物之间的不同，使用质量准确性高于四级杆(质量精度为30ppm)的质谱，可以辨明其差别。在此例中两种物质质量数相差0.035Da
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