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一旦离子的名义质量超过1000Da，在质谱图上没有实测的名义m/z值的峰。在此应当按与离子质量亏损相等的量检测名义质量峰，弥补单一同位素质量峰的缺失。对带单个电荷的离子，质量大于500Da，使用像电喷雾离子化结合四级杆或四级离子阱质谱技术，这类质谱仪在整个m/z刻度上具有单位分辨率，同位素峰可以清楚的分离。
在化合物的鉴定中，关于同位素所起的作用有很多讨论，其中有一项讨论发表在欧洲LCGC杂志上，起到了有益的平衡作用。"小分子LC-MS的同位素峰解析"(L.M.Hill，洲LCGC 19[4]，226-238[2006])基于低分辨率离子阱的研究工作。在该文章的相关部分，在使用离子阱时，作者对过度自信提出了警告："相比于QTOF或三重四级杆系统，离子阱用户必须更加仔细。起始的+1同位素峰必须与污染物相分离...相比于离子阱的扫描分辨率，其俘获的分辨率更低...排空离子阱...按质量顺序。"这不是意味不能使用离子阱，像所有仪器一样，使用时必须理解其功能和局限性类似的，具有非常高分辨率的仪器，不能自动得到正确的答案。Kind和Fiehn论文中的一组数据(T.Kind和O.Fiehn，BMC生物信息学7234[2006])给人印象尤其深刻，并由此得出他们的结论(从160万分子式的研究搜寻得出的结论)："仅仅有高质量准确度(1ppm)和高分辨力是不足够的...仅有同位素丰度模式过滤器能够减小候选分子式的数量。"仅有3ppm质量准确度的质谱仪，2%同位素类型准确度，通常能剔除超过95%的假候选分子式。这一性能甚至能超过0.1ppm的质谱仪，如果这种仪器实际存在，那么也不具有同位素模式的功能。在质量介于150Da与900Da之间，没有同位素丰度信息，当质量准确度从10ppm提高到0.1ppm，可列出的可能分子式：质量准确度10ppm时，从150Da的2个候选分子式的低点，到900Da的3447个候选分子式。质量准确度在1ppm时，候选分子数的高点(900Da)，将得到345个候选分子式。使用2%同位素丰度的准确度，在900Da的候选数减少到18个候选分子式。研究结果也表明，对同位素采集允许5%精确度和5ppm的质量准确度，将减少到196个候选分子式。
定量与校正
当化合物已知，像临床试验中，收集很多独立样品的统计数据，服用的药物和其目标代谢物已经完全表征，以上情况下不需要全扫描质谱图。但是，在复杂生理性的混合物中，要求非常高的灵敏度，因此设置质谱仪仅监测特定m/z值。(参见27页，SIR和MRM响应的比较)。因为离子连续流过三重或串联四级杆，所以没有必要限制离子流进入质量分析器。与之相反，离子阱有明确的有限容积，因此，需要防止过多的离子进入离子阱。不限制离子强度，结果在质谱图中会出现不想要的或意外的峰，这样当试图在GC/MS谱库中搜寻EI谱时将非常麻烦。离子阱的设计已经发生很大的改变，允许外部电离(在质量过滤器外获得离子，随后离子注入离子阱)，而不是内部电离(在质量过滤器电离)。设计的变更带来了一个问题，在阱中会发生离子分子反应，但同时对离子流有一定限制。甚至在MRM模式下，这种总离子流的自动调节机制会引起对单个色谱峰的不规则采样间隔。因此，最终，在复杂基质的痕量分析中，离子阱具有一定局限性，尤其当要求有极高的准确度和精确度时，在这种情况下，因为数据必须具有合理性，或必须符合定量分析的准确度和精确度的严格标准。
MS定量分析时，通常需要使用内标化合物。内标用于控制样品提取、LC进样和电离等过程的误差。如果没有内标物，各种重复试验中的RSD将比有内标物的重复实验高出10倍。最好的内标物是目标分子的同位素标记物。虽然合成这类分子非常昂贵，但是其有类似的提取回收率，色谱保留时间和质谱电离响应等。
校正
质谱学家使用校正化合物调整质量校正比例和离子相对强度，与已知被测物相匹配。所有质谱仪上都需进行这一操作，因为电子、表面的清洁度和实验室的周围条件可能影响质谱仪的有效测量能力。对一些在低分辨质谱仪上进行的要求不高的分析来说，校正可以较少，但仪器响应高低的检查要经常做。但是，高的质量准确度则要求对质量精度随时监控。
对GC/MS，常用的校正化合物是FC-43，也称为过**三丁烷**。其它的校正化合物混合物也被用于调整高分辨率质谱的校正比例。碘化铯钠(NaCsI)和聚乙二醇混合物是LCMS的校正物。在LCMS兼容的溶剂中，NaCsI以稳定状态流入或加入到质谱仪中，在整个4000Da的范围内产生一系列单同位素峰，可用于质量校正。含有可选择的标准肽、蛋白质、基质和溶剂等，用于对MALDI质谱仪进行校正、调谐和灵敏度检测的有效工具包已经商品化。Sigma Aldrich®公司已经这样一种用于蛋白质和肽复杂混合物的分析(700到66000Da)的一套试剂盒。
质量锁定
对于一些在TOF或类似的高质量精度的仪器上进行的对质量精度要求较高的测定时，需要随时严格监控仪器状态。温度的微小变化，可能导致质量数几个ppm的偏差。根据使用电离类型，使用一些一直存在的已知污染离子，可实现连续的质量校正。或者在整个分析过程中，对离子流定期取样，以实现随时校正。如果在色谱柱后，质谱进口之前的LC洗提液中，添加用于质量锁定的校正物，这通常引起不可控的结果，比如离子抑制，质量数干扰和溶剂效应等。TOF型质谱仪(第26页描述)能实现较低ppm的质量精度，对于傅里叶变换离子回旋共振(FTICR)质谱仪，如果控制进入系统的离子数，则可达到更高的质量精度。通过质量锁定对质量数实时校正可以去除用事先已建立的质量比例校正的质量误差。信号较弱有时是另一易被忽略的原因，可通过对LC峰各采样点进行平均进行校正。双电喷雾源是蛋白质组学研究或低水平代谢物鉴定的理想电离方式。这种方法使用两个独立ESI探针，使用可编程的步进马达驱动的振荡阻隔板，从校正喷雾(或参照)流中取样。在预设的间隔时间内从对照喷雾取样，并确保样品采集任务循环。取样阻隔板的位置被实时监测，以便指示出两液体的入口，对照和样品数据存储在独立的文件中。这种设计减少了被测物和参照物的相互影响。
